随着出生率逐步下降、适龄学生数量减少以及政府拨付的教育补助金不断被削减，日本普通高等院校在学生招收和财务状况等方面都面临严峻挑战。日本有关专家认为，如果不能采取有效措施，2020年之后，包括设在中小城市的国立和公立大学在内的非知名大学将相继倒闭，日本部分高等院校遭遇前所未有的生存问题。
　　由于日本新生婴儿数量逐年减少，报考大学的高中毕业生人数下降，非知名大学招生难以完成计划。1992年，日本全国各大学的新生招收指标为47万，当时约有92万学生报名参加入学考试。到了2014年，全国新生招收指标扩大到了59万，但报名考试的学生人数却减少到了约66万，几乎所有想上大学的学生都能够如愿以偿。2014年，日本高等院校的在校生人数为285万，比10年前减少了4万多。
　　近年来，日本人口下降的局面不但没有得到改善，反而越发严峻。2013年出生，将于2031年到达上大学年龄的大学生预备人口只有104万，比2013年的大学生预备人口减少15万。预计2020年新生婴儿数量将减少到约83万。今后各大学之间展开的学生争夺战必将更激烈，除了具有世界级教育质量的名校以及在日本教育界具有较高影响力和好口碑的知名学府之外，其他高等院校都可能面临严峻的生存危机，对设在中小地方城市的高校冲击更大。日本国土交通省预言，今后人口在12.5万以下的绝大部分城市，大学将会消失。
　　由于在校生数量下降，学费收入增长停滞，开支增加以及政府拨款或教育补助金减少，日本多数高校的财务状况都在恶化，经营出现困难。
　　《读卖新闻》对日本129家主要高等院校的调查结果显示，有58%的学校经营状况恶化，在私立大学中有68%的学校经营状况不良，出现了不同程度的亏损。日本私立学校振兴共济事业团的调查结果显示，2014年，在日本全国578家四年制大学中，有一半以上的大学未能招满学生，比上年增加了6个百分点，特别是比较偏远的东北和四国地区的私立大学招生难问题更加突出。加上日本经济一直未有大的起色，政府用于高等教育的财政拨款也在不断减少，不仅私立大学的补助金减少，就连国立大学的财政拨款也受到很大影响。2012财年，用于国立大学的财政拨款为10791亿日元，比上年度减少574.26亿日元，平均降幅超过5%，部分学校的降幅达到10%甚至20%。
　　为了解决学校招生难、运营资金不足等问题，日本高等院校正在积极采取扩大招募外国留学生的同时，大力增强大学附属医院经营管理，并举办各种名义的活动，鼓励各界人士积极捐款。
　　近年来，日本不少大学积极到中国等亚洲各国招收留学生，努力扩大生源，增加收入。日本文部科学省也在积极配合日本高校招收外国留学生，计划将目前的13万外国留学生扩大到30万，在弥补国内大学招生人数不足的同时，扩大日本高等教育在国际上的影响力。
　　许多大学积极展开募集活动，呼吁各届校友积极捐款，反哺母校。一桥大学已募集到了75亿日元的捐款。青山学院大学发起了网上捐款活动，和银行合作在网上公布银行账户，欢迎校友和各界人士捐款。早稻田大学校长亲自拜访企业经营者，呼吁有能力的企业大力支持教育事业，帮助早稻田大学建造为扩大招收留学生而建造的国际学生公寓，在过去的一年中已经募集到了13亿日元。富山大学、京都府立医科大学等高校也接到了为数可观的各类捐款。目前，捐款已经成了日本高等教育的重要财源之一。