新世纪以来，我国持续加大解决“三农”问题的力度，全社会关心和支持“三农”的氛围日益浓厚，农民权益保护取得了明显进展。但由于种种原因，农民权益受损现象仍然存在。这突出表现在两个方面：在农村，一些地方在征地过程中不尊重农民的主体地位，工作方式简单粗暴，征地补偿水平低，失地农民缺乏充分的社会保障；在城市，有的用人单位不依法与农民工签订劳动合同，随意辞退农民工，恶意拖欠甚至克扣农民工工资，强迫其超时劳动而不支付合理报酬，不依法为农民工缴纳养老、失业、医疗等社会保险费等。
　　出现损害农民权益问题的原因是多方面的，其中一个重要原因就是有关法律制度还不完善。一是有关法律对土地征用中的“公共利益”界定不明确。这为一些地方任意解释“公共利益”进而滥用征地权力留下了法律漏洞，也为房地产商乱占农地打开了方便之门。二是征地补偿标准过低。相关法律规定的征地补偿范围仅限于与土地有直接联系的损失，未考虑土地自身价值；补偿以农地收益为基准计算，没有反映农地转为非农地后的升值；有的地方在制定和实施补偿时信息不公开，导致补偿费被层层截留。三是保障农民工权益的法律法规不完善或执行不力。如对于不签订劳动合同的用人单位没有及时进行纠正，对恶意欠薪者惩戒力度不够，对处于弱势的农民工支持保护不足。
　　有效保护农民合法权益，应针对农村征地以及农民外出务工中遇到的突出问题，进一步完善相关法律制度。当前，可以从以下几方面着力。一是完善征地补偿制度。明确合理地界定“公共利益”及其适用范围；确立公平补偿原则，逐步提高补偿标准，考虑将被征地农民的生活费用、就业和创业资本、住房、社会保障等作为补偿因素，在有条件的地方应当按照土地的市场价值进行补偿；完善征地程序，尊重农民的知情权，并将征地补偿和安置作为征地前置程序。二是健全农民工权益保护体系。进一步健全相关法律制度，明确农民工的基本权利和合法权益，对农民工的职业培训、就业指导、劳动条件、居住环境、政治权利、子女入学等作出具体规定。加大劳动执法力度，明确监督主体的职责和权限，建立严格而科学的执法监督机制。提高农民工素质，增强其就业能力和维权意识。鼓励用人单位和社会力量开展农民工职业技能培训，引导农民工参加培训；加强法制宣传，让农民工了解法律援助、劳动仲裁和民事诉讼等相关法律知识以及自身所享有的合法权益，引导他们通过法律手段维护合法权益。三是加强服务农民的法律援助机构和队伍建设。逐步建立国家财政支持与社会慈善行为相结合的法律援助模式，加强对农民的法律援助。司法部门在承接农民、农民工的诉讼请求时，应在坚持秉公执法的前提下，给予其更多的帮助和方便。有关组织、协会（如妇联、工会、产业协会）等应对农民和农民工的诉讼请求提供帮助，降低其维权成本。