国务院提请十二届全国人大一次会议审议的国务院机构改革和职能转变方案指出，政府职能转变是深化行政体制改革的核心，转变国务院机构职能，必须处理好政府与市场、政府与社会、中央与地方的关系。方案针对国务院机构职能存在的突出问题，从六个方面提出措施，明确了职能转变的方向、原则和重点。
　　一是充分发挥市场在资源配置中的基础性作用，通过减少投资项目审批、减少生产经营活动审批事项、减少资质资格许可、减少行政事业性收费、逐步改革工商登记制度等，从体制机制上最大限度地给各类市场主体松绑，激发企业和个人创业的积极性。
　　二是更好发挥社会力量在管理社会事务中的作用，通过逐步推进行业协会商会与行政机关脱钩，重点培育、优先发展行业协会商会类、科技类、公益慈善类、城乡社区服务类社会组织，建立健全统一登记、各司其职、协调配合、分级负责、依法监管的社会组织管理体制等措施，加快形成政社分开、权责明确、依法自治的现代社会组织体制。
　　三是充分发挥中央和地方两个积极性，通过下放投资审批事项、下放生产经营活动审批事项、减少专项转移支付等措施，更好地发挥地方政府贴近基层、就近管理的优势。
　　四是优化职能配置，提出三个方面的整合重点，包括整合房屋登记、林地登记、草原登记、土地登记的职责，整合城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新型农村合作医疗的职责等，分别由一个部门承担；整合业务相同或相近的检验、检测、认证机构；整合建立统一规范的公共资源交易平台、信用信息平台等。
　　五是改善和加强宏观管理，包括强化发展规划制订、经济发展趋势研判、制度机制设计、全局性事项统筹管理、体制改革统筹协调等职能；加强社会管理能力建设，创新社会管理方式；国务院各部门加强自身改革，大力推进本系统改革。
　　六是加强制度建设和依法行政。其中，通过建立不动产统一登记制度、建立以公民身份证号码和组织机构代码为基础的统一社会信用代码制度等措施，加强基础性制度建设；通过完善依法行政的制度、健全科学民主依法决策机制、建立决策评估和纠错制度、严格依照法定权限和程序履行职责、建立健全各项监督制度等措施，加强依法行政。