《经济参考报》记者在采访中发现，公租房租金处于一个“高不成低不就”的尴尬境地：虽然“略低于市场价格”，但仍高于不少住房困难人群的预期，影响其租住意愿；另一方面，由于租售比悬殊等因素，公租房投资成本大、回收周期长，客观上不存在大幅降租的空间。因此，公租房租金如何确定，公租房成本如何分担，仍是需要探索的新课题。
　　住在上海市筹公租房项目馨宁公寓小区一号楼1506室的颜雪颜雪告诉记者，馨宁公寓小区环境很好，房屋户型、装修也都令人满意，不过每月2705元的房租，还是让家里感到吃力。
　　记者了解到，馨宁公寓和尚景园的首期申请率总计约为40%(申请人数和住房套数之比)，低于此前预期。在选房阶段，又有不少申请对象因不满意租金而放弃租住，导致实际入住率进一步降低。比如，截至5月中旬，共推出2900套房源的馨宁公寓，其首批入住户数在380户左右。
　　不过，虽然相关部门为降低公租房的成本采取多项举措，但目前的租金并不具备明显下调的可能性和可行性，一旦租金大幅降低，或将引发一系列负面效果：
　　挫伤企业参与的积极性。比如，尚景园的建筑总面积为15.75万平方米，共有住宅2202套。2011年5月上海市公积金管理中心动用公积金增值收益以14.98亿元从上海城投整体收购该项目，折合投资成本为9511元/平方米。即使静态年投资收益率有5%、达到100%的出租率，净租金也至少要40元/平方米·月才能保本。
　　馨宁公寓也面临类似问题。项目运营方上海地产保障住房投资建设管理有限公司副总经理荀旭东说，项目总投资超过20亿元，即使是满租，每年也都是亏本运营。
　　中国房地产业协会会长刘志峰说：“我国的租金房价比严重偏低，如果公租房租金为同地段市场价格的60%、70%，我认为行不通。这样收回来的租金，恐怕连交利息都不够。”他认为，应参照市场价格，确定公租房租金标准。
　　对现有的住房租赁市场产生冲击。上海市住房保障房和房屋管理局副局长庞元介绍，目前上海可租住的商品住房约有3000万平方米，租房市场已较为成熟。租房市场的总量并不缺少，但在房型、房屋条件、租赁稳定性等方面存在不足，公租房恰在这方面的“性价比”要高出一筹。绝大多数人的住房问题都通过市场解决，公租房主要起到补充作用。一旦公租房租赁价格过低，将不可避免对市场化的租金造成冲击，使大量商品住宅合理收益“缩水”，产生新的问题。
　　产生新的寻租牟利空间。多位业内人士指出，一旦公租房租金和市场价格差距过大，便很难杜绝一些人利用价格“双轨制”钻空子、申请房源后进行转租以赚取差价，这将损及公租房制度的公平公正性。
　　《经济参考报》记者了解到，目前上海两个公租房项目均没有调整租金的计划。
　　对此，业内人士认为，公租房的可持续经营需要以高出租率为前提，但目前不宜通过降低租金来实现，首要的是建立合理的成本分担机制。
　　馨宁公寓租客杨君坤目前每月房租是1880元，不过单位能提供1000元的补贴，负担就减轻不少。近期启动供应的上海陆家嘴金融城人才公寓推出政策，符合一定条件的入住者每月可获得一定的租房补贴，前三年分别以每月600元、300元和100元的标准进行补贴。
　　其次，降低公租房企业的融资成本。刘志峰认为，目前各大商业银行已改制为上市公司，单纯依靠商业银行提供低息贷款不可行，可以考虑以财政贴息为支撑，建立公租房建设和运营的低息贷款制度。此外，还可通过股权式投资引入其他资金，住房公积金、社保基金、企业年金等可成为公租房股权式投资的资金来源。
　　再次，视情降低公租房的申请门槛。比如，上海公租房申请虽不设“收入线”及“户籍线”，但规定申请者“需具有本市常住户口，或者持有《上海市居住证》达到二年以上且在沪连续缴纳社会保险金达到一年以上”。这项规定把不少新就业年轻人挡在了门外。
　　“只要能保证支付租金，除了可设置申请人没有自有房产(且人均面积超过当地标准)、没有同时享受其他住房保障等门槛外，其他的规定都可逐步放松。这样也可明显提高出租率。”陈杰说。